Se ubica en el edificio de la Casa de Cultura, antiguo colegio de San Juan.
Es una de las bibliotecas antiguas más valiosas de México, debe su nombre a su ilustre fundador, el obispo Juan de Palafox y Mendoza, quien donó su vasta biblioteca particular con más de 5 mil volúmenes. A esta donación se le sumaron algunos otros personajes de la época como: Francisco Fabián y Fuero, Manuel Fernández de Santa Cruz, Francisco Pablo Vázquez y Francisco Irigoyen, entre otros.
A finales del siglo XVIII la biblioteca se enriqueció con los contenidos de los colegios jesuitas cuando esta orden fue expulsada de Nueva España.
Es la biblioteca más rica en impresos de toda la América española. Por su historial y tesoros, el 31 de julio de 1981, el Gobierno de México la registró como Monumento Histórico y en 2005 la UNESCO concedió un galardón de “Memoria del Mundo” que reconoce el inmenso valor inmaterial.
La biblioteca cuenta con estantes de cedro tallado, piso del azulejo rojo, y escritorios incrustados de ónix. Además de las tres hileras de estanterías, hay bellos muebles de madera que adornan la estancia y en el extremo opuesto esta un retablo dorado de la Virgen siciliana de Trápani.