Este recinto, inaugurado en junio de 1985, ofrece al visitante un acercamiento al proceso de evangelización del centro del país, así como un panorama de los bienes que pertenecieron a este convento franciscano, construido entre 1544 y 1570 por fray Juan de Alameda.
El propio templo bien vale una visita debido a su afortunada mezcla de plateresco y mudéjar. El primer estilo se expresa en el contraste de amplios espacios lisos con reducidas áreas ornamentadas, como es el caso de la fachada lateral, cuya puerta rodea una prolija decoración que evoca hojas y cardos.
El estilo mudéjar se manifiesta sobre todo en la forma conopial del arco de la puerta mayor (como la quilla invertida de un barco vista al corte: arco combado primero y al final apuntado). En el interior destaca el retablo central, uno de los pocos del siglo XVI que se conservan en México, obra del artista flamenco Simón Pereyns.
También resalta el pétreo decorado de la puerta de la sacristía, que forma una malla cuajada de flores. Igualmente notorios son dos emblemas franciscanos: el escudo de las cinco llagas del Señor y el cordón rematado por flecos. Una vez en el atrio de la iglesia conviene detenerse a ver las capillas posa (en las esquinas del gran espacio, donde se iban deteniendo las procesiones), construidas hacia 1550.