Hernán Cortés ordenó la destrucción del palacio del gobernador Moctezuma Xocoyotzin en 1523 y la construcción de un nuevo palacio para albergar la sede del virreinato en el mismo lugar. En el período colonial, se utilizó como alojamiento para los representantes del nuevo poder español y fue habitada por primera vez por el segundo virrey Luis de Velasco; De ahí la atención al detalle y el estilo palaciego del edificio.
En ese momento fue remodelado para acomodar salas de audiencias dentro y fuera de la prisión de Royal Court. Su fachada y propósito ha cambiado con el tiempo, desde 1821 se convirtió en el Palacio Nacional para albergar los poderes legislativo, ejecutivo y judicial.
En la primera mitad del siglo XX, Diego Rivera recibió el encargo de crear un mural con el objetivo de acercar el arte y la historia a los ciudadanos en una era con altos índices de analfabetismo. Así se creó la impresionante obra Epopeya del Pueblo Mexicano, dibujada en las dos escaleras y paredes del patio norte.
El edificio alberga el museo del sitio del Parlamento. Además, la casa museo de Benito Juárez y los jardines de la Emperatriz también se conservaron y, si se mira con atención, se pueden ver las antiguas pirámides que se encuentran debajo de los cimientos del palacio.
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